最终，大禹与应龙达成契约，若能帮助其脱困，必要助自己治理水患，应龙答应大禹的请求，大禹帮助应龙脱困，并得到了黄河流域图。大禹从黄河流域图中得知，若要将壅塞的川流疏通，便要疏通九条河流，弱水疏导至沙漠地带，将黄河疏导过龙门山，最后流入大海，将汉水向南疏导注入长江，开通汶山疏导长江，疏导沇水进黄河，疏导淮水入大海，渭水进黄河，洛河进黄河。
大禹将这一消息禀告舜帝，舜帝非常高兴，封大禹为司空，加派兵力开始疏通龙门山，日复日年复年，大禹三过家门而不入，妻子涂山氏只能同大禹隔河相望。共工那边发现大禹即将要破掉龙门山，不得不发动手下相柳对付大禹。
当大禹和应龙配合，正要劈开龙门山之时，却发现自己手中的斧子犹如废铁一般，并不如传说中那般拥有神力。应龙提醒大禹，涂山氏可能遭逢大难，才会导致开山斧失去了力量，大禹返回涂山部落，发现妻子涂山氏已经变成了石像，而这一切都是相柳和共工所为。
此时，相柳祸害百姓，应龙大禹大战相柳，相柳失败后身体落入黄河。为了解除涂山氏身上的诅咒，大禹决战共工，最终不惜牺牲，一并将共工制服，也由此唤醒了涂山氏。但大禹并未伤害共工，反而希望其迷途知返，共同帮助治理水患，共工心生悔意，亦被大禹的精神感动。
大禹随后用开山斧劈开龙门山，洪水之灾总算得到了进一步的解决。
往后十余年时间，大禹继续走遍大河上下，终于最终将洪水全部治理完成。正是在他的手下，咆哮的河水失去了往日的凶恶，平缓地向东流去，昔日被水淹没的山陵露出了峥嵘，农田变成了米粮仓，人民又能筑室而居，过上幸福富足的生活。
思想内涵：
这部影片取材自经典神话故事《山海经·海内经》，通过大禹在治理洪水中，不怕困难艰苦，身先士卒的英雄形象，展现了在当年社会中，正是因为一代代国之英雄的付出，才换来了百姓安乐富足的美好生活。没有国之富强，民族振兴，没有默默奉献的无名英雄，何来美好富足的生活，大禹的形象便是当今英雄的完美缩影。
影片中，反派共工的一次次阻挠，便是大禹成长过程中遇到的阻碍和危险，面对重重艰险的考验，他不曾放弃，一心坚持，才换来了希望和成功。治水居外13年，三过家门而不入，连自己刚出生的孩子都没有时间去爱抚，大禹治水精神是中华民族精神的源头和象征。
在治水过程中，大禹吸取父亲鲧的错误方式，因地制宜，依靠因势利导、科学治水、以人为本的理念，克服重重困难，终于取得了治水的成功。由此形成以公而忘私、民族至上、民为邦本、科学创新等为内涵的大禹治水精神。