在第三次忍界大战彻底爆发后，长期活跃在战争前线的神原真司，修炼时间大幅减少。
导致沸遁的开发也用了一年半的时间才完成，尘遁的开发更是遥遥无期，没有丝毫进展，被他无限期搁置了。
不过相对应的是，神原真司因为战功而早卡卡西一年被村子破格提拔成为了上忍，一个仅十岁就名噪一时的天才上忍。
这几年里，在砂隐战场上，神原真司直面了同为灼遁血继忍者的叶仓，第一次在人前使出了他所拥有的第二种血继限界，炎遁。
与叶仓平分秋色的一战，加深了神原真司对灼遁的领悟，让他的实力更进一步，更让他有了炎灼使的名号。
在云隐战场上，神原真司旁观了金色闪光对战云隐AB组合之战，第一次近距离目睹了忍界巅峰忍者之间的战斗，让他对于飞雷神之术这个时空间忍术更加渴望了。
除此以外，为报卯月真咲手臂被废之仇，神原真司还主动挑上了云隐磁遁忍者特洛伊，在战场上将其一举击杀。
将碰触到的东西磁化，再通过磁化物品的接触将磁性转移到敌人身上，让敌人身体磁化，再借由磁性攻击敌人，使敌人无法躲避的磁遁·磁化之术，根本奈何不了神原真司。
必中的方片手里剑也就只能对付一下普通忍者了，对已经开发出磁遁的神原真司来说，特洛伊使用的所有攻击都是徒劳的。
特洛伊运用磁遁的方式太过拉胯，无论是砂铁，砂金，还是砂子，都远胜他所谓的磁化手里剑。
四大自然力之一的磁力的真正威力可不止这一点，只可惜神原真司自身文化程度和知识储备不够，无法深入运用磁力。
不过即便如此，只要神原真司肯花费一定的时间去开发自身的磁遁，未来就可以在磁遁上轻松强过忍界其他磁遁忍者。
单身出阵的神原真司，炎遁与灼遁并用，轻松的完成了一场碾压式的战斗，特洛伊四人小队更是被他全数击杀，这一战后，他便被村子破格提拔为了上忍。
随即而来的是神原真司在黑市悬赏金的提高，一个还没完全成长起来的少年天才，在黑市的悬赏是高过他本身的身价的。
之后神原真司更是与波风水门、秋道丁座，以及原小队队长油女志微一起，频繁的执行A级和S级的任务。
期间神原真司参与了封印了楼兰古国的龙脉封印，但过程中却没有遇到时空来客，水门父子也没有相遇，这一点他能确认，因为他事后查看过记忆没有被封印的情况。
在草之国的对岩隐战场上，与波风水门一起前去支援木叶前线防御部队的神原真司，第二次遇到了爆遁狩。
今非昔比的神原真司轻易结果了曾经叫嚣要结果他，却被他废了左臂的爆遁狩，还消灭掉了爆遁狩率领的一整支岩隐爆破小队，及时为仅剩四人的木叶前线防御部队解了围。