而就在四川平定叛乱的战局快要接近尾声的时候，天启元年六月，熊廷弼入京了。
同时紧急奉诏进京的还有先后隶任四川总督、蓟辽总督的王象乾，以及刚刚平定苗疆叛乱的张鹤鸣和原山东巡抚王在晋。
辽阳沈阳相继被后金攻破，朝廷臣请用引退赋闲在家的王象乾象乾，天启帝特遣官齎敕，召之至京。
此时正值兵部尚书崔景荣谢事，朝廷即命王象乾代理兵部尚书一职。
王象乾倒是干脆，以七十有几高龄，主动请缨，以年老目瞆不欲署部事，疏陈守御关外及招抚插汉诸部方略，拒绝留京掌管兵部，请求外任蓟辽总督。
天启大称奖，正巧蓟辽总督文球因病致仕，遂同意了王象乾的请求。
领旨后的王象乾于是招徕昔日旧部，急急忙忙的便出发了，去镇守蓟州！
而张鹤鸣却是人精一个，接诏后一路托病缓行，等距离最远的熊廷弼到任后方才缓缓来迟，却意外留京掌管兵部。
王在晋因之前一直负责保障后勤，遂受命以任户、工、兵三部左侍郎，一职三任，也是牛大发了。
听闻熊廷弼即将到京，王在晋特意等了三天，等熊廷弼到后方才一起进宫面圣。
而此时的熊廷弼算是王者归来，威望一时间达到了顶点。
熊廷弼入京之日，都人焚香诰天，兵部衙门更是被挤了个水泄不通。
当然，熊廷弼也不含糊，面圣时向天启分析了下辽东目前的局势：奴酋新据辽阳，根基不稳，辽人难服，要想恢复辽东，须三方布置：在广宁厚集步骑以牵制后金主力；在天津与登、莱各设巡抚，置舟师，乘机入辽南；在山海关设经略，节制三方。
“一军出广宁用马步兵对垒与三岔河，吸引后金主力，一军以海上督舟师乘虚入南卫，只需大张旗鼓动摇敌之军心即可，同时在东面联合朝鲜从后方打击后金，奴酋必然腹背返顾，奇正相倚，则恢复辽阳大有可为。登莱天津广宁三地并设抚镇山海适中之地经略节制三方。”
熊廷弼三方布置之策一一出，朝廷各方一片叫好，天启也十分高兴，对熊廷弼那是有求必应，加封兵部尚书，兼右副都御史，命其驻守山海关，第二次升任辽东经略，经略辽东军务。
熊廷弼也不客气，借此请尚方宝剑，请调兵二十余万，以兵马、粮草、器械之类责成户、兵、工三部。请为监军道臣高出、胡嘉栋，督饷郎中傅国昭雪，恢复官职，让他们理事。建议启用辽人原赞画主事刘国缙为登莱招练副使，夔州同知佟卜年为登莱监军佥事，原临洮推官洪敷教为职方主事，军前赞画，用以收拢辽人的心。
此时正值用人之际，天启稍加思绪后，便都予以批准。
昔日正三品的侍郎变成了正二品的尚书，曾经的四品佥都御史升级为三品副都御史，不但头衔吓人，天启还要求在熊廷弼出京之日，大小京官出郊践行。
熊廷弼虽是辽东经略，但朝廷也不知怎么想的，同时又擢王化贞为辽东巡抚。
王化贞此人原先只是个兵备道驻守广宁，当时沈阳陷落，王化贞就认为奴之得志非虏所欲寄希望花钱请蒙古人起兵灭奴。