后面的剧情基本的电影一样，只不过承太郎他们面对的是来抢药水的瓦乌姆和艾斯曼?迪亚斯，敌联盟也派人来搅局。最后药水要是被他们两夺走了，不过波波和承太郎花京院相认了，此时拳藤一佳正好也看到了他们，带着伊奇跑了过来。三人一狗也相认了。
拳藤看到波波和伊奇那么亲热，再加上花京院的说辞，她就相信了伊奇是波波的宠物。
承太郎和花京院把他们两推荐给了暗部，空条由介考察了一下他们的实力，批准加入暗部。
此时波波还提供了一份资料，他正好也在追查【失乐园】的事情，他接到线人的消息，发现【失乐园】和敌联盟存在合作关系，并且他还拿出了一张照片，照片上有模糊的两个人影。空条由介一眼就认出其中一个是卡兹，但另一个黄发男孩完全没有匹配的人选，唯独他背后奢华的椅子和手里的红酒也许可以当做追查的特征。
在暑假的前半段时间内，承太郎和花京院经常带着塔兹米到霍克斯（暗部）那边去训练，承太郎将自己的隐者之紫展示给了花京院、波波还有伊奇。花京院让承太郎脱大衣，他发现承太郎肩膀和脖子位置处的那颗星星颜色不仅变深了、还变得多彩了起来。承太郎只能认为是乔纳森和乔瑟夫在他体内导致乔斯达家族血脉增强的关系。
暑假中期，雄英高中开展了林间合宿，承太郎的波纹正好克制美国短尾猫的个性，虽然承太郎也掉下了山崖，但那些魔兽在他面前就和绣花枕头一样，不堪一击。
为什么敌联盟知道雄英的一举一动，最早认为是雄英存在内奸，但后这一点被遗忘了，所以我加入了一个原创角色。
那个喜欢玩枪的面具男子个性是【通感】，只要触摸到别人就可以读取别人的记忆，所以AFO让他来帮助死柄木弔，并且担任情报官的职责。
所以可以认为是某个雄英的老师/学生无意被这个面具男接触，被读取了记忆，所以敌联盟才知道雄英的安排和动向。
可这次想抢走“适合组织的学生”可不止敌联盟。
【失乐园】中的几位高层也盯准了这边。
其实主要是艾斯德斯想把塔兹米抢过来，卡兹由于和AFO的交易、派出瓦乌姆和艾斯曼?迪亚斯来收集情报，顺便动摇一下英雄社会的秩序。
敌联盟发动攻击的时候，承太郎、绿谷、轰、八百万、塔兹米等人各自对阵对手/疏导同学。
绿谷对战嗜血肌肉男、轰焦冻和爆豪碰上了艾斯曼?迪亚斯，承太郎以一己之力对战敌联盟的五人，最后被死柄木弔偷袭。就在死柄木弔准备杀死承太郎的时候，瓦乌姆站了出来，他不喜欢有人侮辱战士之间高尚的决斗，击退了敌联盟，只可惜敌联盟依旧得逞，抓走了爆豪；塔兹米也被艾斯德斯掳走。
波纹的确能抵抗死柄木弔的崩坏，承太郎只是轻微脑震荡而已。
这次被两个组织抓走了两位学生，英雄社会第一次出现了动摇，开始指着雄英高中。
欧尔麦特这边从警察那得知了AFO是背后主谋，开始召集英雄准备进攻敌联盟的所在地。
另一边，暗部的所有职业英雄也集结完毕，只不过这一次他们批准了承太郎，花京院，卫宫，黑铁四人可以加入出征的队伍。
空条由介以暗部BOSS的身份出面，世人这才得知居然还有暗部的存在。
神野这边，绿谷五人和原著中一样偷偷摸了进去，救走了爆豪，面具人反应比较快，差点一枪击中了他们，好在切岛用硬化挡下了子弹。
虽然现在的欧尔麦特巅峰活动时间还有3个小时，但AFO的攻势还是非常强大，最后虽然依旧是一场惨烈的胜利，但欧尔麦特居然还保住了最后的变身时间：每天最多30分钟，不过他依旧在格兰特里诺的劝说下选择了退下前线。
另一边艾斯德斯的冰封王座之中里，卡兹派出了所有的人马，甚至连那位金发少年都与他达成了某种条件加入这次行动。
空崎沐在外面准备接应，其他人前往艾斯德斯的府邸。在前往宫殿的路上，黑铁对上了帝奥材变。虽然黑铁占了上风，但是帝奥材变实在是太难缠了，硬生生把他拖住了。
承太郎和花京院对上了瓦乌姆和艾斯曼?迪亚斯。承太郎负责近战，花京院使用绿宝石水花进行远程攻击。四人就这么缠斗在了一起。
卫宫和新井锁司对上了那个金发少年，那个金发少年自创为吉尔伽美什，个性是王之财宝，还自称已经活了5000多年。
原来吉尔伽美什当年和恩奇都一起对战所谓的神明，最后恩奇都战死，吉尔伽美什想尽一切办法想复活他，后面他从一本书中得知了一种长生的办法，就是不断更换自己的躯体，让灵魂进行转移。那时的吉尔伽美什已经没有兴趣做王了，他只不过是个想复活朋友的人而已。
他就这样活了5000多年，直到后面他发现了卡兹和他的实验，他查看了卡兹实验的记录，好像让他看到了复活恩奇都的希望，他才答应加入卡兹的组织。
两人很快就落了下风，就在这时，卫宫脸色出现了蓝色的纹路，头发的前段也变白了一些，爆发出了匪夷所思的力量，局势逆转，卫宫压制住了吉尔伽美什。
在往里面，波鲁那雷夫、伊奇、凉宫焱梓三人终于见到了艾斯德斯，塔兹米则被绑在一旁的十字架上。
波鲁那雷夫看到艾斯德斯使用的是西洋剑，他使用了激将法，程对方只会使用寒冰，剑术不如自己，顺便提出了单挑的要求。
艾斯德斯自然明白波鲁那雷夫的小算盘，不过偶尔碰到一个用西洋剑，不打上一架有些可惜。
的确，双手剑的波鲁那雷夫在剑术上的确压制住了艾斯德斯，但他说的是单挑，而且艾斯德斯没必要和他客气，她放出了寒冰。
凉宫焱梓提着大剑冲了上去，伊奇也在一旁控制沙子进行辅助。这么小的地方艾斯德斯不一定占优。
可惜现实是残酷的，艾斯德斯的强大完美的压制住了三人。凉宫焱梓知道这么纠缠下去他们三个都会死，她拿出了暗部研发的特质药剂，注射进了体内。她的身上和剑上燃起了熊熊烈焰，居然再度和艾斯德斯战斗了起来。
一边打还一边冲波波喊道，带塔兹米走。波波虽然不忍，但他知道，现在留在这边只有全军覆没的结果，他和伊奇带着塔兹米，逃走了。
就在波鲁那雷夫通知所有人，塔兹米救出来之后，空崎沐发现凉宫焱梓的信号消失了。
宫殿顶楼，凉宫焱梓上半身靠着一面断墙，一旁的大剑已经被折断了，浑身是血。艾斯德斯踩着对方的身体，拔出了插在她胸口的利剑，转身朝着楼下追去。
就在暗部这边所有人都准备撤退的时候，一直没有露面的卡兹终于出手了，他引爆了事先埋藏的炸弹，试图炸死所有人。
好在空条由介出场，抵挡住了艾斯德斯和卡兹，拖延了一会，所有人都撤退了，最后回到集合地点的是波鲁那雷夫和伊奇，前者还抱着重伤的凉宫焱梓。