吕西安所说的新发现，指的是致病菌的发现。
细菌其实很早就被发现了，早在1702年，荷兰科学家列文·胡克就利用他自己发明的显微镜发现了细菌。但是当时的人并没有将细菌和疾病联系起来。而且因为细菌无色透明，即使用显微镜，最多也不过看到一些因为细菌的运动带来的光线折射而形成的影子，根本就看不清细菌的结构特征，自然也无法分辨细菌的种类和数量。
这使得很长一段时间里，细菌的发现除了给人们提供一些谈资之外，基本上就没有其他的意义了。
既然细菌和疾病的关系得不到验证，那么什么消毒杀菌之类的技术自然也不会出现。在此前的战争中，为了降低士兵的损失，约瑟夫借口说在某部中世纪的笔记中看到了，关于东方的野蛮人将包扎用的纱布用沸水煮过之后，能减少伤员发烧化脓的记录。虽然这个说法并没有什么科学依据，但是完全可以用事实来证明一下嘛。
结果事实证明，在使用沸水煮过，然后再在太阳下晒干的纱布代替其他未处理的包扎物，效果非常明显，伤员和俘虏们因为感染而死亡的几率大幅度下降了。
虽然不知道这是什么原因造成的，但是既然这种做法有效，在拿破仑成为了第一执政之后，这类做法就开始在整个的法国推广。包括《柳叶刀》杂志上也提到了这个事情。
约瑟夫表示，“存在即是合理”。既然这个方法被证明有效，那它背后一定有我们还没有来得及发现的科学原因。为此约瑟夫开出了五千法郎的奖金，鼓励学者们研究这后面的科学原理。
不久之前，约瑟夫的一个爱尔兰学生卡罗尔在约瑟夫指点的大方向上，通过自己的努力，获得了决定性的成果。
“老师怀疑，在被煮过的纱布，和没有煮过的纱布上一定有什么我们看不到的差异。他甚至向我提到了列文·胡克先生的发现。
波拿巴老师对我说：‘卡罗尔，我一直有一个怀疑，我怀疑伤口溃疡、发高烧什么的，都是由某种寄生虫造成的。这种寄生虫非常小，很可能比螨虫都小。以至于肉眼无法看到它。列文·胡克先生曾经用显微镜发现过一些非常小的生物，我怀疑，这些东西，可能就是某种非常小的寄生虫，它们也许就是造成伤口溃疡，发烧之类的问题的罪魁祸首。
如果我的这个猜想是真的，那么这种虫子就一定会在化脓溃疡的伤口上大量繁殖。只是这些东西无色透明，我们无法看清楚它们，更不要说确定它们的数量的变化了。唉，要是有办法让它们变成不透明，有颜色的就好了。’
当时我灵机一动，脱口而出：‘我们为什么不试试看能不能用某种染料，给这些小虫子染上颜色呢？’
波拿巴老师对我的这个建议非常的欣赏，他鼓励我就从这个方向去展开研究……此后我试过了很多种染料，但是效果都不好，但是老师一直都在支持我，鼓励我。他对我说：‘我相信，你一定能成为爱尔兰在科学上的骄傲的。’
在老师的鼓励下，我虽然遭遇了一次又一次的失败，但最终，就像老师说的那样，‘机会总是青睐那些有准备的人’……”——《与疾病作斗争——卡罗尔·奥哈夫回忆录》
有了细菌染色技术，细菌和各种感染之间的关系，就变得显而易见了。
在有了这种技术之后的一个多星期里，卡罗尔就画出了包括破伤风杆菌、金黄色葡萄球菌在内的数十种致病菌。依据这个发现，卡罗尔写出了论文，并将它提交给了法兰西科学院。
这绝对是划时代的发现，但是吕西安却提议，将这份论文押后发表。
吕西安说：“约瑟夫，让你的学生将论文改一下，我觉得证据还不够充分，应该还有临床上的数据。我们在法国找一家医院，在这里实验对各种设施，比如床褥呀什么的严格消毒的措施，然后记录病人的感染几率，再选取一家英国医院，最好是有托利党和圣公会背景的医院，弄到他们类似的情况下的感染率和死亡率。