团藏威胁，如果不继续为根效力，去别的国家充当卧底，那么将不再给孤儿院提供资金，野乃宇无可奈何，只能继续替根效力（兜在同一时期也加入了根），但之后由于团藏不再信任他们，便安排野乃宇和兜自相残杀，由于团藏在中途更换了兜的照片，导致只能靠照片来了解兜的成长的野乃宇认不清杀害自己的人是兜，并在临死前连续两次对兜说出“你是谁”，这也是兜陷入黑暗的重要原因之一。
而最让兜深受打击的事情就是，这个自己最珍视的人，自己无时无刻都在思念的人，竟然对自己丝毫没有了印象。
起初兜还以为是自己打掉了野乃宇的眼镜，她看不清自己，所以认不出来。但是当兜把自己的眼镜给她戴上时，野乃宇还是说了同样的话。
一句“你是谁”，深深刺痛了兜幼小的心灵。
这里兜在动作上有一个变化，起初他是竭尽所能想要替野乃宇治疗的，可是当野乃宇这一句你是谁问出口时，兜不由自主的停止了治疗。
后来事情的缘由被大蛇丸揭露了，野乃宇和兜均是强大的谍报忍者，身上掌握了诸多情报，木叶或者说团藏为了铲除他们，便对野乃宇进行了幻术迷惑，致使她认不出兜，以达到让他们自相残杀的目的，但野乃宇应该还是很关心兜的，从随身携带着药师兜的照片这一点可以看出来。
所以药师野乃宇又重新成为了药师兜心目当中唯一的牵绊和唯一的光源。
兜之所以肆无忌惮，伙同宇智波带土发动第四次世界大战，没有丝毫顾忌地从净土到处召唤强者灵魂降临世间，以疯狂的灭世举动来验证这个世界的真理，来寻找自己存在的意义，其根本原因，就是因为失去了这个世界上他唯一在乎的人。
原本大蛇丸让他不再茫然，一心跟着大蛇丸研究禁术，按照大蛇丸的命令做任何事情，看看未来会是什么样子的。
可是大蛇丸却在拿佐助的身体当容器，进行不尸转生的时候，反而被佐助给吞噬了。
所以药师兜又重新变得茫然了。
他现在有两个目标：
第一，杀死宇智波佐助，为大蛇丸报仇。
第二，沿着大蛇丸的道路走下去，把人体禁术开发到极限，比如细胞融合和，成就最完美生命体；比如秽土转生，要成就最完美的秽土转生，然后把这一份完美的力量展现在忍界，让所有人都感受到秽土转生的伟大力量，这是药师兜所认定的，能够证明自己存在意义的方法。
“我会想办法，与木叶的团藏见一面。”
人道佩恩目光炯炯道：
“当年的药师野乃宇的尸体，是他的根部处理的，他们应该会有记录。”
“如果已经焚烧或酸毁腐化掉，那就没有办法了，但如果是埋在了某个地方，即便是这么多年过去，腐化得只剩下了骨头，也可以从中提取DNA……兜，剩下的，就不用我多说了吧！”
药师兜已经控制不住浑身颤抖了起来，他的嘴唇哆嗦着，阴森的蛇瞳当中，竟然闪出了泪光，好半天，他的情绪才平复下来，他的双手摁在一张桌子上，转头看着人道佩恩，一字一句道：
“十天时间，我让你的本体彻底成功融合柱间细胞。”
“如果选择相信我，现在开始，让你的本体过来，马上开始人体植入试验，这个实验室由我全权接手。”
“不行！”小南当即拒绝，神色严厉道：
“你的忠诚度，尚未得到考验，你竟然想直接在长门身上进行试验，这简直是……”
“我答应你。”人道佩恩声音坚定道。
“长门！”
“小南，我知道自己在做什么。”
人道佩恩的轮回眼，幽幽发亮：