苗傅得到消息后，打算扣押呼延通的妻子为人质，朱胜非表示只要派这呼延通的妻子到平江安抚呼延通，事情就可解决，苗傅竟然答应了他的建议。
冯轓回到平江后，张浚再度派他到杭州和苗、刘等声明大义，苗傅曾听说张浚已经集结重兵，但不相信，这时才惊觉已经遭到讨伐，诏贬张浚为黄州团练副使、郴州安置，御史中丞郑瑴上书为张浚开脱，又遣人密报张浚放慢行军速度，使叛军自行垮台。
叛军派苗瑀和马柔吉率赤心军及王渊旧部驻扎临平抵挡勤王军，冯轓也入城内和苗傅商议，苗傅要拘留他，张浚得知后便伪造了一封书信给冯轓，内容是表述苗、刘忠于朝廷的，且故意被苗傅拦结下来，苗傅看了张浚给冯轓的信后，信以为真，便放了冯轓。
隔天，张浚得到了被贬的消息，随即和刘光世、张俊、呼延通联名传檄天下勤王，从平江大举出发声讨苗刘。
苗刘闻讯大为惊恐，被迫接受朱胜非和冯轓的提议，率百官奏请赵构复辟。这年四月，“太后下诏还政，皇帝复大位。”
赵构还宫后，诏尊太后为隆祐皇太后，恢复苗傅策立的幼君赵敷为太子，且故意任命苗傅为淮西制置使，刘正彦为淮西制置副使，将他们引出朝廷，隔天下诏恢复年号建炎。
苗、刘二人要求赵构赐予免死的铁券，准予免于追究他们政变的责任，赵构知道两人学识不丰，在铁券上写着“除大逆外，余皆不论”，苗刘不察，以为安全了。
当天，勤王军到达叛军驻扎的临平，呼延通率领率军力战，大破叛军苗翊与马柔吉，挺进北关。
张浚派呼延通为先锋攻击杭州，苗刘带着叛军奋力抵抗，不过此时城内突然冲出一支人马，为首正是一位双刀头陀，此人犹如猛虎下山一样冲了上来一下子就将叛军杀得死伤无数，他们猛地冲了上去打开了杭州的北城。
呼延通见过武松，当时也不再犹豫，二话不说带着人就冲进了杭州城内。
苗、刘一看事情已经不可为，他们二人率精锐两千人，拿着赵构所敕赐铁券逃出杭州，同时命令手下纵火阻挡追兵，但天降大雨，火不起。
勤王军刘光世、张浚、呼延通、张俊、吕颐浩等入城，赵构握住先锋呼延通的手痛哭，并请求他除掉私通叛军，看守宫门的吴湛。
呼延通随即上前，装作要和吴湛谈话，折其中指将他逮捕，诏斩于市。
赵构也下诏表示只追究苗傅、刘正彦、王钧甫、马柔吉、张逵等的责任，其他军官士兵皆不追究，于是赤心军背叛苗傅。
王钧甫想率军投降，戴罪立功；但其部下张翼等人斩了王钧甫、马柔吉投降。王世修则是接受审判后斩于市。
张浚和张俊，刘光世保护着赵构复辟，呼延通则率领着手下的大军，前去捉拿逃跑的苗傅和刘正彦。
苗傅、刘正彦两人率军逃亡，侵犯许多郡县。刘正彦在浦城乘胜追击官军时被呼延通擒获，苗翊为部下所擒来献，张逵率残兵败降遁入崇安，也被呼延通派军追而杀之。
苗傅则变更姓名，在逃亡建阳时被发现，押送至呼延通处。于是呼延通宣布班师，俘苗傅、刘正彦、苗翊三人以献，两人在建康被磔弃市。刘正彦在行刑时还大骂苗傅不用自己的计策，因而失败
赵构封赏平乱功臣。升吕颐浩为尚书右仆射；升李邴为尚书右丞；封张俊为节度使。七月，改任御前右军都统制。升刘光世为升为太尉、御营副使，所部即称御营副使军。后任江东宣抚使，守太平州、池州，移守江州。封呼延通为承宣使，御营后军都统制。
张浚则自请回川陕一带防守，不过赵构没有同意，升检校少保、定国军节度，后加封知枢密院事。
另外，赵构追赠王渊开府仪同三司，追康履“荣节”谥号。呼延通和韩世忠因在卑微时曾受王渊赏识，此时知恩图报安葬了王渊。
这次兵变，是南宋抗金斗争的一个转折点。兵变打击了主张和支持皇帝南逃的投降派势力。它表明妥协逃跑不得人心，标志着人民抗金力量的兴起。
兵变促使南宋政权进行政治整顿。赵构后来就着手整顿、制订一些必要的制度和措施。