幸亏朱由检冲破女真人的阻截，退入宁远城中。袁崇焕接到祖大寿的飞报，登时大喜，心想自己本来也是要到宁远筑城坚守，便催促明军全速进兵，务要在女真人之前抵达宁远。也幸得如此，明军才比女真人快了一步进城。
听他介绍完经过，朱由检不由得想起一天多来的惊心动魄，心中暗恨袁崇焕做事欠考虑，不但没能制止佟养浩部的兵变，还差点把自己给搭了进去。
但此时袁崇焕亲率大军来救宁远，朱由检也不好斥责。只得堆出一张笑脸道：“袁大人辛苦了！你何罪之有，咱们还是抓紧时间，安排迎敌事宜吧。”
此时祖大寿等明军将领也登上鼓楼，一场简短而紧张的军事会议立即开始了。
第一件事，自然是确定军事统帅。由于朱由检只是代天子出征，既无统兵权，也无带兵经验，当然不能由他担任最高统帅。
而明军向来是以文官为帅，武官为将。此时城中最大的文官便是袁崇焕，他又正好是祖大寿部的监军，便当仁不让地执掌了总指挥权。
第二件事，便是确认敌军的动向和目标，以及敌我双方的实力对比。
由于女真人远远地扎住营寨，眼下又是深夜，一时无法准确估算敌军兵力。但祖大寿等人经验丰富，单从那隆隆的马蹄声中，便可猜出对方至少有三万以上的骑兵，汉人组成的步兵恐也不在少数，且后续人马还在不断赶来。看这架势，努尔哈赤这次又是倾巢出动，那么他的目的只能有一个，那就是攻下宁远！
而明军的兵力可就少得多了。之前祖大寿和何可纲率领的骑兵伤亡惨重，几乎可以忽略不计。而在之前的前屯兵变中，佟养浩部三千余众不但全部叛乱，还在混战中杀死了数百明军。虽然袁崇焕尽起前屯之兵，也不过只有一万五千人左右，骑兵更是只有两千。
就算加上宁远城内的李家子弟，满打满算，也不过一万七千人，显然是敌众我寡，形势极为危急。
第三件事，便是商定对敌策略了。这时，明军将领中产生了分歧，以祖大寿为首的李系将领，主张坚守宁远，直到敌军撤退或者山海关派兵来援。
而其余辽东将领，则力言敌我力量对比过于悬殊，应放弃宁远，先退至前屯，实在不行就退回山海关。
袁崇焕听罢众人之言，拍案而起道：“兵法有进无退，本监军既已从前屯来到宁远，岂有不战而退之理！本监军身为宁前道，当与宁远、前屯共存亡！谁若想退回山海关，便请自去，本监军愿独卧孤城，以挡建虏！”
他这么一说，其他将领虽有不情愿者，可谁也不敢吭声了。而李系将领则精神大振，纷纷表态，愿与袁崇焕一起，誓死保卫宁远。
朱由检也在心中暗赞袁崇焕，心想这家伙虽然性格傲慢，行事鲁莽，但总还是一位铁骨铮铮的中国人，面对凶残的异族侵略者，敢于浴血奋战！仅凭这一点，他已经比那些只会吟风弄月、或者专事攻讦的文官强太多了！
第四件事，便是研讨具体作战方略。
袁崇焕侃侃而言道：“眼下敌众我寡，强敌已至，援兵未继，只有固守城池方为上策。军中运来十门红夷大炮，再加上宁远城中原有的两门，火力猛烈，定可狠挫建虏的锐气。”
见众将纷纷称善，袁崇焕便分兵派将。他命祖大寿守北门，何可纲守东门，参将左辅守西门，副将朱梅守南门。每将各领军卒三千，其余士卒由袁崇焕居中亲掌，哪面战局吃紧便支援哪面。
又将红夷大炮运上外城城墙，在四角各放置二门，其余四门做为机动。如此一来，不管女真人从哪个方向攻城，都有八门红夷大炮可投入战斗。
安排完毕，袁崇焕就要让各将立即上城。朱由检却想到一个极其重要的问题，皱着眉道：“袁大人，万一女真人并不急着攻城，而是将咱们围困起来怎么办？城中粮草能支撑多久？”
袁崇焕却笑道：“殿下放心，宁远是不必为粮草问题担忧的。”
“却是为何？”
“宁远东门不远处即是大海。”袁崇焕得意地道，“海中有一岛，名为觉华岛，宁远的储粮皆在岛上。建虏虽然善于骑战，但却根本没有海船，我军的粮草可从海上源源不断地运来！”
朱由检听罢不好再问，却总觉得有点担心，又说不出为什么，只得道：“既然袁大人皆已安排妥当，却不知本王该做些什么？”
袁崇焕恭谨地道：“殿下只需在此高坐，看将士们杀敌即可。”
此时，忽有士卒来报：“北城门外有敌将骂阵！”
朱由检顿时来了精神头道：“本王干别的不行，要说到骂，那还算有点心得！昨天把豪格骂吐了血，今夜本王倒要看看是谁又来找骂，争取把他骂个半身不遂！”