当秦兵重新控制住外城的城墙，尤其是关上城门之后，城内的流贼立刻崩溃了。
其实从数量上来说，他们并不比秦兵少多少。如果能集结在一起，合力往外冲的话，还是有机会杀出城外的。但此时城中已经完全杀乱了套，郝摇旗又不知去向。俗话说人无头不走，鸟无头不飞，失去了指挥的流贼已经完全丧失了判断形势的能力。
一见秦兵占领外城墙，刚才还能奋力拼杀的流贼们，此刻却斗志全消，觉得再无逃脱的希望，纷纷抛掉兵器请降。
而秦兵此时已经杀红了眼，尤其是骑兵，因为刚才的一战付出了重大伤亡，从将领到普通士兵都急欲为战友报仇。因此他们根本不管流贼已经缴械投降，仍是不停地抡刀砍杀。
朱由检在内城上看得真切，忙亲自出马，制止了这种疯狂的行为。他并不是可怜流贼的性命，但目前的当务之急是要控制住城内的形势，而不是杀戮。
在他的严厉喝斥下，李来亨、解勇等将领才清醒过来，一边重新组织队伍，将城门严密地守住，一边收缴降兵的武器，并把他们赶到监狱之中。
说到监狱，这也是秦王庄的一座重要建筑。因为从民团到秦兵历次作战，总会抓到一些俘虏。对这些俘虏当然不能一杀了之，因为其中很多人也都是刚刚从贼，并且是被迫的，虽然也多多少少有些恶行，但还罪不至死。而且朱由检毕竟只是一个藩王，从理论上来说是没有权力杀人的。即使是县令孙传庭，也只能审案，判决还要到更高一级的衙门。
但若就这么放了，显然也是不行的。一来这些人毕竟当了土匪或是流贼，就算什么也没干，依《大明律》也是死罪。况且其中确有不少人曾经为恶，甚至还杀过人，若不审清就放，岂不让戕害百姓的凶手逍遥法外。
二来就算这些人全是无辜的，但他们之所以做贼，主要还是因为贫穷。放了他们当然简单，但他们出去以后还是没有活路，早晚还得造反。
对这个迫切而棘手的问题，朱由检也曾想过推出去，即将这些人全部交给西安府处置。但转念一想，其中还有不少妇孺，若交给官府，肯定全得掉脑袋，那可太残忍了。所以他最终还是决定兴建监狱，自己来处理这些俘虏。
在秦王庄大兴土木之时，朱由检就特意在内外城中都划出一大片地，专门用来兴建监狱。当然“监狱”这个名字太过显眼，朱由检取了个稍微好听点的名字：勤恩所。顾名思义，就是用辛勤的劳动，来报答秦兵的不杀之恩，减轻自己的罪过！
对于不同的犯人，朱由检也区别对待。像流贼的眷属，其实不过是些老幼妇孺，朱由检就让他们住在内城的监狱中。这里条件稍好一些，和现代的监狱感觉差不多。每天一日三餐都正常供应，犯人还可以在院子里放放风，自由活动一会儿。
至于那些曾参与作战的男性俘虏，朱由检就没那么客气了。关押他们的监狱在外城，为了防止贼人越狱，朱由检把这所监狱修得固若金汤。地面和墙壁全都是是用青石垒的，每间牢房的大门也都是用小臂粗细的铁棍制成。一间不足十平方的牢房里，至少要塞上十几个犯人，至于他们受得了受不了，那就不在朱由检的考虑范围之内了。
由于条件所限，狱中也根本不设让犯人活动的院子，轮到谁干苦力活，自有专人将他们押到指定地点，在荷枪实弹的鸟铳手的监督下干活，干完立即扔回牢房中。因此，像《肖申克的救赎》或者是《越狱》那样的故事，在这里是绝对不可能发生的。