遣送回籍、以工代罚，这就是朱由检对被裹挟百姓的处置方法，总体上说还是十分宽大的。经过如此处置，城中的外来人口大大减少。等两座城墙彻底完工后，那些青壮年也会被释放，秦王庄的百姓就又可以恢复平静而又生机勃勃的生活了。
最后还有一个遗留问题不能不解决，那就是真正的流贼。这些被俘的流贼如今都关押在名为“勤恩所”的监狱中，数量也达到一千多人。如果再加上他们的家属，总数就有三千人之多。
流贼和普通百姓可不一样。虽然他们也出身于百姓，但随李自成征战多年之后，农户的淳朴已经丢得差不多了，剩下的只有杀人不眨眼的戾气。
对于如何处置这些流贼，朱由检与孙传庭、杨嗣昌等人产生了较大的分歧。按照那两位的意思，这些人都是大奸大恶之徒，基本上都杀过人，身犯不赦之罪，必须明正典刑。就算泾阳县无权处置罪犯，也应解送到西安府或京师，总之不能再留着，免生祸患。
朱由检却不这样看。他认为流贼虽然给国家和民族造成了很大损害，但从根本上来说，他们造反也是迫不得已。正如李自成当日在阵前所言，但凡有一条活路，谁肯冒着杀头的危险造反？这属于官迫民反，罪无可赦，情有可原。
因此，将这批全部杀死固然简单省事，可不根除朝廷的**，老百姓不能安居乐业，最后还是只有造反一途。在这里杀一百，别处又会冒出一千；再杀一千，又会激起一万。到最后形成星火燎原之势，那大明可就彻底玩完了。
但如果对流贼不严加惩处，那也是不行的。比如说如果像对待普通百姓一样将他们释放，朱由检敢打包票，这些人肯定会立刻投奔旧主李自成。
道理很简单，他们已经习惯了刀头舔血、走一路抢一路的生活，再让他们面朝黄土背朝天地土里刨食，他们已经做不来了。在这种情况下将他们释放，无异于纵虎归山，只能让流贼势力越打越大。
而且朱由检从前世穿越而来，自然知道历史的进程。就算流贼真的“修成正果”推翻了大明王朝，他们也绝不是凶残的满清骑兵的对手。不论是李自成还是张献忠，最后都落得兵败身死，这谁也不能怪，只能怪他们目光短浅、水平有限，既没有治国安邦之才，也没有外御敌寇的能力。
所以朱由检对流贼的态度也很鲜明，那就是他们的队伍必须剿灭，首恶必办！余者可以不杀，但要进行严格的改造，让他们用艰辛的劳动为过去的所作所为赎罪！
因此，朱由检将这件事委托给县令孙传庭，让他立即启动了对流贼的分类工作。
所谓分类，首先就是将参与作战的流贼，与非战斗人员的眷属区分开来。这一步倒很简单，眷属都是老弱病残和妇孺，一眼就看得出来。对这些人可以稍稍优待，只限制她们不许出城，在城内则可相对自由地活动。从事的也都是些力所能及的劳动，比如浆洗衣物、清扫街道等。