扫平外戚势力之后，汉和帝刘肇终于得以临朝亲政。首先，就对这次平叛事件的诸多臣属论功行赏。特别是郑众和刘庆，通过此次事件，甚得刘肇的信任。刘肇向刘庆赏赐了大量钱粮，恩宠之深厚，一时没有第二个皇亲国戚可以与之相提并论。而郑众则是刘肇赏赐最为丰厚的另一个人。郑众前半生多郁郁不得志，经过这次平叛，助皇帝夺回大权，自然能够平步青云。于是，郑众被任命为大长秋。大长秋一职，乍看之下名不见经传，细细思量，才知道这一官职是则是皇帝近侍官首领，非皇帝亲信不得充任，主要负责宣达旨意，管理宫中事务。
刚开始之时，皇帝刘肇还对宦官掌权有所顾忌，历朝以来，宦官掌权，江山必乱。因此，并没有给予郑众参与军政大事的权力。郑众也对自己的处境很了解，因此，每次皇帝赏赐，他都推脱不要。其仁爱谦逊的态度便逐渐受到皇帝刘肇的喜爱和尊重，进而在遇到国家大事难以解决，而朝中重臣相继死去的情况下，诏令郑众与之商议。至此，宦官之权柄得以扩大，并渗透到国家的大政方针之中。
恰如史书所言：“宦官用权自此始矣！”
在封赏功臣的同时，刘肇也开始大力革新国家政策，逐渐实践着自己的政治抱负。永元四年（公元92年）十二月壬辰，刘肇刚一上任就颁布诏令减土地税。后来，他又多次下诏，劝农权耕。
透过这一举动，刘肇勤政爱民的形象便被人民广为传诵。但是，皇帝刘肇毕竟个人精力有限。自己所依靠的几个重臣相继过世，永元五年（公元93年）春正月，千乘王刘伉死去；永元五年正月，广宗王刘万岁死去；二月甲寅日，太傅邓彪死去；永元五年十月，太尉尹睦死去。
此前的永元四年（公元92年），司徒袁安、司空任隗二位国之栋梁也相继去世，此后不久，司徒丁鸿、城阳王刘淑、乐成王刘党、陈敬王刘羡等人也相继西去。一时之间，朝堂可用之人变得越来越少。为了解决这一问题，永元五年三月，刘肇特别颁布了一纸诏令，责令选贤任能。
可以看出，和帝刘肇实在不失为一个年轻有为的英明圣主。他在平定窦氏乱朝之后，积极支持班超在西域的斗争，不久，班超大破焉耆，西域降附者五十余国。同时派遣著名将领乌桓校尉任尚领兵东北，大破南单于，收复辽东。
在他在小的时候，便深谙为政之要，对于百姓怀有一颗怜悯之心。时常下诏赈灾救难、减免赋税、安置流民、勿违农时，同时，和其父亲刘炟一样，以宽和的态度对待犯罪。即使他知道窦太后的所作所为，并能够无所顾忌地惩处她时，刘肇也没有采取行动，而是让窦太后恩宠不减，直到她死后，依然力排众议，以“恩不忍离、义不容亏”为由，将窦太后谥为章德皇后。同时对于梁贵人、宋贵人的问题也都妥善安置。其母梁贵人被追封皇太后。此外，和帝还一直坚持以民为本、任人唯贤、注重道德教化左右，使得汉朝在他的治理下，整个国家与他的谥号“和”帝暗合，一时之间，大汉朝四海升平、海晏河清。
阴孝和与邓绥的后宫斗争
尽管和帝刘肇尽心竭力地想将国家治理好，重振刘氏伟业，但是东汉王朝的命运似乎冥冥中自由天定，逐渐走向了黑暗的深渊。
首先，是宦官的崛起。
皇帝跟外戚斗争，必须获得别人的支持。而皇帝长于深宫，无法与外边互通消息，于是宦官就成了皇帝的倚靠和助力。东汉政权的第四任皇帝刘肇最先向外戚发动攻击。在他与宦官郑众的逼迫下，外戚窦宪自杀。但是，窦氏衰落之后，郑众凭借功劳，其威势不减反增。于是自郑众开始，宦官的权力越来越大。
其次，则是班超经营多年的西域的丧失。
早在刘庄在位之时，班超便投笔从戎，跟随当时的大将军耿恭南征北战，最终靠着自己的三寸不烂之舌，带着三十六个随从，征服了西域各国。后来刘炟继位，改变国策，欲将班超调回洛阳，放弃西域，终在班超的竭诚努力之下，刘炟答应了他继续经营西域的请求。
经过多次战争，班超这位西域都护在事实上掌控了西域各国。到元和四年（公元87年），曾经帮助汉朝进攻车师的大月氏来到班超驻地，请求与汉朝给为秦晋之好。班超见汉朝此时正是国家蒙难之时，不宜与以边陲小国结亲，便拒绝了大月氏的请求。
永元二年（公元90年），心怀怨恨的大月氏便率领七万军队东越葱岭，攻打班超。多日攻取不得，大月氏只好去龟兹求救，半路遭到班超数百军士的埋伏，求救使者也命丧黄泉。大月氏首领随即向班超请罪，班超并没有追究他们的过错，便让他们得以重返故土，大月氏大惊之下，与汉朝和好如初，消息传来，窦氏兄妹也感到很高兴。
不久，龟兹、姑墨、温宿等国相继归附。又过了些时日，西域五十多个国家都归附了汉王朝，班超终于实现了立功异域的理想。
然而好景不长，毕竟西域各国之所以臣服汉朝，主要有三个方面的原因，一是汉朝政治清明、经济良好、军事强大；二是北方强大的匈奴政权的土崩瓦解和臣服，使得汉朝在西域地区没有了竞争对手；三则是出于对班超个人魅力的敬服，班超经过几十年来的经营，在西域的势力已经根深蒂固。无论是他的军事能力还是外交能力，都得到了西域诸国的敬服。
可以说，这三个方面缺一不可，直到刘肇未年，东汉国力下降，班超也退休回到洛阳。将领任尚接替了班超西域都护的位置，可惜任尚之为人勇武有余、谋略不足，在他和班超交接官印之时，班超就对任尚说：“塞外的情形可谓是鱼龙混杂，而你的性情太过严正。俗话说：太清澈的水没有大鱼，太严格的要求失去团结。我的意思是，你只需总揽大纲，不要挑剔小节，对他们的小过错更应该尽力宽恕。”